Urządzenie działa cyklicznie, sekwencyjnie, w zależności od napełnienia zbiornika. Ścieki kwaśne/zasadowe dopływają do zbiornika reakcyjnego. Po osiągnięciu założonego poziomu maksymalnego następuje automatyczne uśrednienie składu i pH ścieków. Dzięki zastosowaniu elektrody pH, pomiar odczynu ścieków realizowany jest bez przerwy.
W razie konieczności (pH ścieków inne niż dozwolone w Dz.U. 2006 Nr 136, poz. 964) rozpoczyna się dozowanie kwasu/zasady, aż do osiągnięcia żądanego pH. W momencie, gdy ścieki są już skutecznie zneutralizowane i ich odczyn pozwala na odprowadzenie do kanalizacji, załączana jest pompa lub otwierany jest elektrozawór (w zależności od wybranej opcji). Cały proces neutralizacji sterowany jest przez sterownik w AKPiA z zaimplementowanym oprogramowaniem, dedykowanym do neutralizatorów ścieków.
